Difference between revisions of "Hauptseminar Theorie und Simulation der weichen Materie WS 2013"

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== Überblick ==
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== Overview ==
  
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;Art
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;Type
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:Blockseminar (Vorträge und Diskussion)
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:Blockseminar (Talks and Discussion)
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;Zeit
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;Date and Time
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:---
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:Tuesday, 11.02.2014 and Wednesday, 12.02.2014
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;Raum
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;Location
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:Institut für Computerphysik
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:Institut für Computerphysik, Seminar room 1.079
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;Umfang
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;Credit Points
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:2 SWS
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:2 SWS = 3 CP
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;Verantwortliche
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;Teachers
 
:Prof. Dr. [[Christian Holm]] (ICP)
 
:Prof. Dr. [[Christian Holm]] (ICP)
 
:Dr. [[Jens Smiatek]] (ICP)
 
:Dr. [[Jens Smiatek]] (ICP)
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:[http://www.is.mpg.de/de/krueger Dr. Matthias Krüger] (MPI für Intelligente Systeme)
 
:[http://www.is.mpg.de/dietrich/bier Dr. Markus Bier] (MPI für Intelligente Systeme)
 
:[http://www.is.mpg.de/dietrich/bier Dr. Markus Bier] (MPI für Intelligente Systeme)
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;Veranstaltungsnummer
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;Course Number
 
:04570
 
:04570
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;Zugeordnete Module
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;Modules
 
:PO 2011: 31620 Hauptseminar in Theoretischer Physik (benoteter Leistungsnachweis)
 
:PO 2011: 31620 Hauptseminar in Theoretischer Physik (benoteter Leistungsnachweis)
 
:PO 2010: 28300 Fortgeschrittene Vielteilchentheorie (unbenoteter Leistungsnachweis als Prüfungsvorleistung)
 
:PO 2010: 28300 Fortgeschrittene Vielteilchentheorie (unbenoteter Leistungsnachweis als Prüfungsvorleistung)
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;Kurssprache
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;Language
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:Deutsch oder Englisch, wie gewünscht
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:English
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;Requirements
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:We expect the participants to have fundamental knowledge in classical and statistical mechanics, thermodynamics, electrodynamics, and partial differential equations.
  
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== Voraussetzungen ==
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== Preliminary program ==
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Location: ICP Meeting room
  
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Wir erwarten, dass die Teilnehmer ein grundlegendes Wissen in klassischer und statistischer Mechanik, Thermodynamik, Elektrodynamik und partiellen Differentialgleichungen haben.
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'''Tuesday, 11.02.2014'''
  
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''We expect the participants to have basic knowledge in classical and statistical mechanics, thermodynamics, electrodynamics, and partial differential equations.''
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*10:00 am: ''Theory of Liquids'' (Matthias Feldmaier) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/feldmaier_theory_of_liquids.pdf|Handout}}
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*11:15 am: ''Introduction to Molecular Dynamics and Monte-Carlo Simulations'' (Patrick Kreissl) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/handout_patrick.pdf|Handout}}
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*13:30 pm: ''Equilibrium Properties of Polymers'' (Clarissa Wink) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/PolymerPhysics_2014_02_07.pdf|Handout}}
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*14:45 pm: ''Coarse-Grained Polymer Simulations'' (Katharina Zeuner) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/Handout_07_02_2014.pdf|Handout}}
  
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== Leistungsnachweis ==
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'''Wednesday, 12.02.2014'''
  
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Um den notwendigen Leistungsnachweis für das Seminar zu erhalten, gelten folgende Kriterien:
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*10:30 am: ''Theory of Polymer Dynamics'' (Daniel Krüger) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/Handout_PolyDyn_paper.pdf |Handout}}
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*11:45 am: ''Protein folding'' (Maren Jaeger) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/maren_proteins.pdf|Handout}}
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*13:30 pm: ''Computing Electrostatic Interactions in Simulations'' (Tobias Rau) {{DownloadExt|/teaching/2013-ws-hauptseminar/handout_rau.pdf|Handout}}
  
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* Außer in begründeten Einzelfällen sollte jeder Teilnehmer bei allen Vorträgen '''anwesend''' sein und sich in der Diskussion einbringen.
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== Topics ==
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* Anstelle einer Ausarbeitung ''nach'' dem Vortrag soll eine Woche ''vor'' dem Beginn des Kompaktseminars eine Ausarbeitung als  '''Handout''' an die anderen Teilnehmer ausgeteilt werden, bzw auf der Kurswebseite zum Download bereitstehen.
 
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** Als Vorbereitung zu jedem Vortrag sollen alle Teilnehmer das Handout lesen.
 
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** Das Handout ist eine ausformulierte Ausarbeitung des Vortrages.
 
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** Es soll einen Umfang von 5-10 Seiten haben.
 
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** Es soll die Inhalte des Vortrages darstellen.
 
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** Als Anhang zum Handout sollten bis zu drei Artikel zum Thema angehängt werden, sofern vorhanden.
 
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** Als Übung für das Verfassen wissenschaftlicher Artikel empfehlen wir, das Handout in englischer Sprache zu verfassen.
 
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* Zum vereinbarten Zeitpunkt ist ein '''Vortrag''' zu halten.
 
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** Der Vortrag sollte 40 bis 45 Minuten dauern.
 
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** Es wird empfohlen, elektronische Folien für den Vortrag zu erstellen.
 
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** Diese können entweder auf dem eigenen Laptop, oder auf einem Institutslaptop wiedergegeben werden. In diesem Fall bitte rechtzeitig vorher mit uns Kontakt aufnehmen!
 
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** Im Hinblick auf Tagungen (z.B. von der DPG) empfehlen wir, auch den Vortrag auf Englisch zu halten und die Vortragsfolien in englischer Sprache zu gestalten.
 
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** Im Anschluß an den Vortrag findet eine Diskussion statt, in die die Teilnehmer sich aktiv einbringen sollten.
 
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* Bei den Teilnehmern, die für das Seminar einen benoteten Leistungsnachweis benötigen (PO 2011), fließen die folgenden Faktoren in die Note ein:
 
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** Qualität des Vortrages (Inhalt, Darstellung, Präsentation)
 
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** Qualität des eigenen Handouts (Inhalt, Verständlichkeit)
 
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** Diskussionsbeiträge
 
  
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;Themen:
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{| class="wikitable"
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Grundlagen_MD_MC Grundlagen der Molekular-Dynamik und Monte-Carlo-Simulation] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Polymer_MD_MC Simulation von Polymeren mittels Monte-Carlo und Molekular-Dynamik-Methoden] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Meso_Sim Mesoskopische Simulationsmethoden: Lattice-Boltzmann, Dissipative Particle Dynamics und Stochastic Rotation Dynamics] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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! Topic !! Speaker !! Tutor
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Elektrostatik Behandlung von elektrostatischen Wechselwirkungen in Polyelektrolyt-Simulationen] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/mediawiki/index.php?title=Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Elektrostatik Poisson-Boltzmann-Theorie: Vergleich zwischen Simulation und analytischen Resultaten] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Phasengleichgewichte Phasengleichgewichte] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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| Theory of Liquids [[Hauptseminar Theorie und Simulation der weichen Materie SS 2013/Theory of Liquids|[SS 2013]]]
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:* [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_WS_2012/Freie_Energie_Methoden Methoden zur Berechnung von freien Energien: Wang-Landau-Sampling, Umbrella Sampling und WHAM, Thermodynamische Integration] (Jens Smiatek, Christian Holm)
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| Matthias Feldmaier || Markus Bier
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:* Theorie der Brownschen Bewegung (Felix Höfling)
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−
:* Hydrodynamische Wechselwirkungen (Felix Höfling)
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:* Einführung in die Flüssigkeitstheorie (Markus Bier)
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| Entropic Forces
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:* Dichtefunktionaltheorie (Markus Bier)
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| ''NN'' || Matthias Krüger
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:* Dynamik dünner Flüssigkeitsfilme (Markus Rauscher)
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:* Dynamische Dichtefunktionaltheorie (Markus Rauscher)
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| Equilibrium Properties of Polymers [[Hauptseminar Theorie und Simulation der weichen Materie SS 2013/Polymer_Theory|[SS 2013]]]
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| Clarissa Wink || Markus Bier
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|-  
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| Theory of Polymer Dynamics
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| Daniel Krüger || Matthias Krüger
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|-
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| Introduction to Molecular Dynamics and Monte-Carlo Simulations (ICP) [[Hauptseminar_Theorie_und_Simulation_der_weichen_Materie_SS_2013/MD-MC|[SS 2013]]]
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| Patrick Kreissl || [[Joost de Graaf]]
 +
 
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|-
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| Coarse-Grained Polymer Simulations (ICP) [[Hauptseminar Theorie und Simulation der weichen Materie SS 2013/Polymer Simulations|[SS 2013]]]
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| Katharina Zeuner || [[Owen Hickey]]
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|-
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| Polymer Translocation
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| ''NN'' || Matthias Krüger
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|-
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| Computing Electrostatic Interactions in Simulations [[Hauptseminar Theorie und Simulation der weichen Materie SS 2013/Elektrostatics|[SS 2013]]]
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| Tobias Rau || [[Florian Weik]]
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| The Poisson-Boltzmann Theory Cell Model for Charged Rods: Comparing Analytical Results and Simulation (ICP)
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| ''NN'' || [[Christian Holm]]
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| Theory of Charged Polymers (Polyelectrolytes)
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| ''NN'' || [[Shervin Rafatnia]]
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| Atomistic Simulations of Biopolymers
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| ''NN'' || [[Jens Smiatek]]
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| Protein Folding
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| Maren Jäger || [[Jens Smiatek]]
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| Ions at Interfaces
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| ''NN'' || Markus Bier
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|}
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== Getting the credit points ==
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To get the credit points for the seminar, the following criteria should be met:
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* All participants have to be '''present''' in all talks and play a part in the discussions.
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* Instead of writing a report ''after'' the talk, we expect the participants to distribute a '''handout''' in the week before and send it to Jens to be put up on the web page.
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** The handout is to be written in English.
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** All participants are expected to read the handout as preparation to the talk.
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** It should describe the contents of the talk, written out in full.
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** It should have 5 to 10 pages.
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** If available, up to three original articles can be attached to the handout.
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* The '''talk''' is to be given at the arranged time.
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** The talk is to be held in English.
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** The talk should take 40 to 45 minutes.
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** We recommend to prepare electronic slides for the talk.
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** They can be displayed on your own laptop or on the institute's laptop. In the first case, please check whether the projection works ''before'' the actual date, in the latter case, please contact us well beforehand so that we will bring the laptop.
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** After the talk, there will be a discussion on the talk, where all participants are expected to actively contribute.
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** After the discussion, we will give hints on how to improve the presentation.
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* For the participants that require a grade (PO 2011), the following aspects will be important:
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** Quality of the talk (contents, presentation, slides)
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** Quality of the handout (contents, readability)
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** Contributions to the discussion

Latest revision as of 09:35, 12 February 2014

Overview

Type
Blockseminar (Talks and Discussion)
Date and Time
Tuesday, 11.02.2014 and Wednesday, 12.02.2014
Location
Institut für Computerphysik, Seminar room 1.079
Credit Points
2 SWS = 3 CP
Teachers
Prof. Dr. Christian Holm (ICP)
Dr. Jens Smiatek (ICP)
Dr. Matthias Krüger (MPI für Intelligente Systeme)
Dr. Markus Bier (MPI für Intelligente Systeme)
Course Number
04570
Modules
PO 2011: 31620 Hauptseminar in Theoretischer Physik (benoteter Leistungsnachweis)
PO 2010: 28300 Fortgeschrittene Vielteilchentheorie (unbenoteter Leistungsnachweis als Prüfungsvorleistung)
Language
English
Requirements
We expect the participants to have fundamental knowledge in classical and statistical mechanics, thermodynamics, electrodynamics, and partial differential equations.

Preliminary program

Location: ICP Meeting room

Tuesday, 11.02.2014

  • 10:00 am: Theory of Liquids (Matthias Feldmaier) Handout (746 kB)
  • 11:15 am: Introduction to Molecular Dynamics and Monte-Carlo Simulations (Patrick Kreissl) Handout (273 kB)
  • 13:30 pm: Equilibrium Properties of Polymers (Clarissa Wink) Handout (2.12 MB)
  • 14:45 pm: Coarse-Grained Polymer Simulations (Katharina Zeuner) Handout (1.09 MB)

Wednesday, 12.02.2014

  • 10:30 am: Theory of Polymer Dynamics (Daniel Krüger) Handout (687 kB)
  • 11:45 am: Protein folding (Maren Jaeger) Handout (2.38 MB)
  • 13:30 pm: Computing Electrostatic Interactions in Simulations (Tobias Rau) Handout (361 kB)

Topics

Topic Speaker Tutor
Theory of Liquids [SS 2013] Matthias Feldmaier Markus Bier
Entropic Forces NN Matthias Krüger
Equilibrium Properties of Polymers [SS 2013] Clarissa Wink Markus Bier
Theory of Polymer Dynamics Daniel Krüger Matthias Krüger
Introduction to Molecular Dynamics and Monte-Carlo Simulations (ICP) [SS 2013] Patrick Kreissl Joost de Graaf
Coarse-Grained Polymer Simulations (ICP) [SS 2013] Katharina Zeuner Owen Hickey
Polymer Translocation NN Matthias Krüger
Computing Electrostatic Interactions in Simulations [SS 2013] Tobias Rau Florian Weik
The Poisson-Boltzmann Theory Cell Model for Charged Rods: Comparing Analytical Results and Simulation (ICP) NN Christian Holm
Theory of Charged Polymers (Polyelectrolytes) NN Shervin Rafatnia
Atomistic Simulations of Biopolymers NN Jens Smiatek
Protein Folding Maren Jäger Jens Smiatek
Ions at Interfaces NN Markus Bier

Getting the credit points

To get the credit points for the seminar, the following criteria should be met:

  • All participants have to be present in all talks and play a part in the discussions.
  • Instead of writing a report after the talk, we expect the participants to distribute a handout in the week before and send it to Jens to be put up on the web page.
    • The handout is to be written in English.
    • All participants are expected to read the handout as preparation to the talk.
    • It should describe the contents of the talk, written out in full.
    • It should have 5 to 10 pages.
    • If available, up to three original articles can be attached to the handout.
  • The talk is to be given at the arranged time.
    • The talk is to be held in English.
    • The talk should take 40 to 45 minutes.
    • We recommend to prepare electronic slides for the talk.
    • They can be displayed on your own laptop or on the institute's laptop. In the first case, please check whether the projection works before the actual date, in the latter case, please contact us well beforehand so that we will bring the laptop.
    • After the talk, there will be a discussion on the talk, where all participants are expected to actively contribute.
    • After the discussion, we will give hints on how to improve the presentation.
  • For the participants that require a grade (PO 2011), the following aspects will be important:
    • Quality of the talk (contents, presentation, slides)
    • Quality of the handout (contents, readability)
    • Contributions to the discussion
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