Difference between revisions of "Teaching"

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* [[ICP-Kolloquium_SS_2010|ICP-Kolloquium: Physik und Computeranwendungen]] <br />[http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer Prof. R. Hilfer], [[Christian Holm |Prof. C. Holm]] <br /> Thursday 14:00 - 15:30, V27.03
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* [[Simulationsmethoden_II_SS2010|Simulationsmethoden II]](course lecture with exercises) <br />[[Christian Holm |Prof. C. Holm]]<br />Wednesday, 9:45 a.m.-11:15 a.m., V27.03, Pfaffenwaldring 27
 
* [[Simulationsmethoden_II_SS2010|Simulationsmethoden II]](course lecture with exercises) <br />[[Christian Holm |Prof. C. Holm]]<br />Wednesday, 9:45 a.m.-11:15 a.m., V27.03, Pfaffenwaldring 27
  
== WS 2009/2010 ==
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* [[ICP-Kolloquium|ICP-Kolloquium: Physik und Computeranwendungen]] <br />[http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer Prof. R. Hilfer], [[Christian Holm |Prof. C. Holm]] <br /> Thursday 14:00 - 15:30, V27.03
 
* [[ICP-Kolloquium|ICP-Kolloquium: Physik und Computeranwendungen]] <br />[http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer Prof. R. Hilfer], [[Christian Holm |Prof. C. Holm]] <br /> Thursday 14:00 - 15:30, V27.03
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* [[Hauptseminar_moderne_sim_meth_WS_09_10|Hauptseminar: Moderne Simulationsmethoden in der Physik]] <br />[[Christian Holm |Prof. C. Holm]], [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer Prof. R. Hilfer], [http://www.itap.physik.uni-stuttgart.de/personen/johannes.php PD J. Roth]<br />Thursday, 8:00 a.m., seminar room 104, Pfaffenwaldring 27
 
* [[Hauptseminar_moderne_sim_meth_WS_09_10|Hauptseminar: Moderne Simulationsmethoden in der Physik]] <br />[[Christian Holm |Prof. C. Holm]], [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer Prof. R. Hilfer], [http://www.itap.physik.uni-stuttgart.de/personen/johannes.php PD J. Roth]<br />Thursday, 8:00 a.m., seminar room 104, Pfaffenwaldring 27
  
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* [[ICP_Kolloquim|ICP-Kolloquium: Physik und Computeranwendungen]] <br />[[Christian Holm |Prof. C. Holm]], [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer Prof. R. Hilfer] <br /> Thursday 14:00 - 15:30, V27.02
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*:: dienstags 14.00 - 15.30 Raum 2.346 (Michael Ankele), und<br />mittwochs 15.45 - 17.15 Raum 2.120 ([[Florian Dommert]])
 
*:: dienstags 14.00 - 15.30 Raum 2.346 (Michael Ankele), und<br />mittwochs 15.45 - 17.15 Raum 2.120 ([[Florian Dommert]])
  
 
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* Fraktionale Infinitesimalrechnung (course lecture with exercises) <br /> [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer PD R. Hilfer] <br />Tue, Thu 8:00-9:30, Pfaf 27_0.011  
 
* Fraktionale Infinitesimalrechnung (course lecture with exercises) <br /> [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer PD R. Hilfer] <br />Tue, Thu 8:00-9:30, Pfaf 27_0.011  
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* [http://www.ica1.uni-stuttgart.de/~jens/oberseminar/oberseminarWS0809.html Oberseminar: Physik mit Höchstleistungsrechnern] <br /> [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~jens Dr. J. Harting], [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer PD R. Hilfer] <br /> Mon 14:00-15:30, V27.03  
 
* [http://www.ica1.uni-stuttgart.de/~jens/oberseminar/oberseminarWS0809.html Oberseminar: Physik mit Höchstleistungsrechnern] <br /> [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~jens Dr. J. Harting], [http://www.icp.uni-stuttgart.de/~hilfer PD R. Hilfer] <br /> Mon 14:00-15:30, V27.03  
  
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== Diplom- und Bachelorarbeiten ==
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Diplomarbeiten können bei uns im Bereich Simulation und Theorie weicher Materie durchgeführt werden. Dies umfasst insbesondere Nukleation, Ferrofluide, Hydrogele sowie Polymere und Biomoleküle. Aktuelle Themen sind
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==== Parameterstudien zur Translokation von Biomolekülen durch Nanoporen ====
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In den letzten Jahren ist es möglich geworden, künstliche Nanoporen als Sonden in der Welt einzelner Makromoleküle zu benutzen. Bei dem Transport dieser Moleküle durch die Pore spielen elektrostatische Wechselwirkungen eine große Rolle, weil fast alle Biomoleküle stark geladen sind. In diesem Projekt soll die Rolle der elektrostatischen Wechselwirkung für diesen Prozess mit molekulardynamischen Simulationen untersucht werden, um so die wissenschaftliche Grundlage für ein genaues Verständnis dieses Prozesses zu legen. Nur wenn das System gut verstanden ist, kann es letztlich - wie man sich erhofft - zur schnellen Sequenzierung von DNA genutzt werden. 
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Interessierte Studierende sollten über Grundlagen der statistischen Physik/Thermodynamik und über tragfähige Grundlagen mit UNIX-Systemen verfügen. Erfahrungen in der Programmierung mit Skriptsprachen oder Hochsprachen (C, C++) sind von Vorteil. Das zugrundeliegende Softwarepaket wird ESPResSo (www.espresso.mpg.de) sein.
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==== Mesoskalige Hydrodynamik mittels eines Gitter-Boltzmann Algorithmus ====
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Hydrodynamische Wechselwirkungen in kolloidalen Suspensionen werden durch korrelierte Kolloisionen der Lösungsmittelteilchen mit  den Kolloiden erzeugt, und im Kontinuum mittels der Navier-Stokes Gleichung beschrieben. In MD Simulationen, die ein sogenanntes implizites Lösungsmittel benutzen (also keine Lösungsmittelteilchen) , können somit keine hydrodynamischen Wechselwirkungen generiert werden. Eine Art, diese in eine vergröberte MD Simulation zu berücksichtigen, ist der Gitter(=Lattice)-Boltzmann Algorithmus, der auf einer Gitterflüssigkeit beruht. In der Bachelorarbeit soll ein Skript und ein Tutorial zur Behandlung des Poisseulle Flusses in einer Schlitzpore erstellt werden. Der Algorithmus ist bereits innerhalb des Programmpakets ESPREsSo implementiert (www.espresso.mpg.de).
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==== Ein Iterativer Poisson-Boltzmann Löser ====
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Kürzlich wurde ein neuartiger iterativer Löser für die nichtlineare Poisson-Boltzmann Gleichung aufgestellt. Diese Gleichung behandelt in der mittleren Feldnäherung die Wechselwirkungen von geladenen Makromolekülen innerhalb einer Elektrolytlösung. Sie findet vielfältigen Einsatz in der Biophysik und der Weichen Materie. Ziel der Arbeit ist es, ein MATLAB Skript zu erstellen, zu verifizieren, und zu dokumentieren. Ein Basisskript für MATLAB existiert bereits.
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==== Messung der dielektrischen Konstante in einer ionischen Flüssigkeit ====
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Mit einem vereinfachten Modell von harten geladenen Kugeln soll im Rahmen einer Molekulardynamischen Simulation die statische dielektrische Konstante bestimmt werden, sowie sie aus Messungen mittels dielektrischer Spektroskopie bestimmt wird.
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==== Simulation ultrakalte Moleküle mit einem elektrischen Dipolmoment ====
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Ultrakalte Moleküle mit einem elektrischen Dipolmoment lassen sich in einem optischen Gitter einfangen und durch ein elektrisches Feld ausrichten. Durch Manipulation des Gitters und des elektrischen Feldes lassen sich die Wechselwirkungen zwischen den Molekülen beeinflussen. In dieser Arbeit soll mit Hilfe von Molekulardynamik ein System untersucht werden, in dem mehrere Lagen stark dipolar  wechselwirkender Molekuele uebereinander angeordnet sind. Ziel der Arbeit ist es, Grundzustandsstrukturren zu berechnen, sowie den Einfluß der thermischen Bewegung auf die Grundzustandsstrukturen zu berechnen. Das System ist hierbei gerade noch im Bereich der klassischen Physik. Als +Simulationssoftware wird Espresso (www.espresso.mpg.de) zum Einsatz kommen.
  
*[[Special topics in Soft Matter and Computational Biophysics (SoSe 2008)]] (2S)
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Ansprechpartner: [[Rudolf Weeber]] (Rudolf Weeber <weeber@ica1.uni-stuttgart.de>)
*[[Simulation Techniques for Soft Matter Sciences (SS 2008)]] (2V + 2Ü)
 
*[[Statistical Mechanics (WS 2007/2008)]] (2V + 2Ü), Tue 10-14, FIAS 200
 
*[[Special topics in Soft Matter and Computational Biophysics (WiSe 07/08)]] (2S)
 
*[[Simulation Techniques for Soft Matter Sciences (SS 2007)]] (2V + 2Ü)
 
*[[Statistical Mechanics (WS 2006/2007)]] (2V + 2Ü)
 
*[[Biological Physics (SS 2006)]]
 
*[http://fias.uni-frankfurt.de/figss/kvvws05_figss.html "Theoretical descriptions of macromolecules" (WS 2005/2006)]
 
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Revision as of 12:34, 23 July 2010

Lectures

SS 2010

WS 2009/2010

Lectures in previous terms

Inaugural Lecture

Prof. Christian Holm will give his inaugural lecture:

3.11.09, 17:15 Uhr
Hörsaal V57.01
Titel: "Harte Arbeit an Weicher Materie gelingt mit ESPResSo"


SS 2009


WS 2008/2009

Diplom- und Bachelorarbeiten

Diplomarbeiten können bei uns im Bereich Simulation und Theorie weicher Materie durchgeführt werden. Dies umfasst insbesondere Nukleation, Ferrofluide, Hydrogele sowie Polymere und Biomoleküle. Aktuelle Themen sind

  • Nicht zentrierte Dipole
  • IPBS (Iterativer Poisson-Boltzmann-Löser)
  • Ionkanäle
  • Janus-Teilchen
  • Ionische Flüssigkeiten: Dielektrisches Spektrum für Modellfluide
  • Magnetische Gele

Bachelorarbeiten

Parameterstudien zur Translokation von Biomolekülen durch Nanoporen

In den letzten Jahren ist es möglich geworden, künstliche Nanoporen als Sonden in der Welt einzelner Makromoleküle zu benutzen. Bei dem Transport dieser Moleküle durch die Pore spielen elektrostatische Wechselwirkungen eine große Rolle, weil fast alle Biomoleküle stark geladen sind. In diesem Projekt soll die Rolle der elektrostatischen Wechselwirkung für diesen Prozess mit molekulardynamischen Simulationen untersucht werden, um so die wissenschaftliche Grundlage für ein genaues Verständnis dieses Prozesses zu legen. Nur wenn das System gut verstanden ist, kann es letztlich - wie man sich erhofft - zur schnellen Sequenzierung von DNA genutzt werden. Interessierte Studierende sollten über Grundlagen der statistischen Physik/Thermodynamik und über tragfähige Grundlagen mit UNIX-Systemen verfügen. Erfahrungen in der Programmierung mit Skriptsprachen oder Hochsprachen (C, C++) sind von Vorteil. Das zugrundeliegende Softwarepaket wird ESPResSo (www.espresso.mpg.de) sein.

Mesoskalige Hydrodynamik mittels eines Gitter-Boltzmann Algorithmus

Hydrodynamische Wechselwirkungen in kolloidalen Suspensionen werden durch korrelierte Kolloisionen der Lösungsmittelteilchen mit den Kolloiden erzeugt, und im Kontinuum mittels der Navier-Stokes Gleichung beschrieben. In MD Simulationen, die ein sogenanntes implizites Lösungsmittel benutzen (also keine Lösungsmittelteilchen) , können somit keine hydrodynamischen Wechselwirkungen generiert werden. Eine Art, diese in eine vergröberte MD Simulation zu berücksichtigen, ist der Gitter(=Lattice)-Boltzmann Algorithmus, der auf einer Gitterflüssigkeit beruht. In der Bachelorarbeit soll ein Skript und ein Tutorial zur Behandlung des Poisseulle Flusses in einer Schlitzpore erstellt werden. Der Algorithmus ist bereits innerhalb des Programmpakets ESPREsSo implementiert (www.espresso.mpg.de).

Ein Iterativer Poisson-Boltzmann Löser

Kürzlich wurde ein neuartiger iterativer Löser für die nichtlineare Poisson-Boltzmann Gleichung aufgestellt. Diese Gleichung behandelt in der mittleren Feldnäherung die Wechselwirkungen von geladenen Makromolekülen innerhalb einer Elektrolytlösung. Sie findet vielfältigen Einsatz in der Biophysik und der Weichen Materie. Ziel der Arbeit ist es, ein MATLAB Skript zu erstellen, zu verifizieren, und zu dokumentieren. Ein Basisskript für MATLAB existiert bereits.

Messung der dielektrischen Konstante in einer ionischen Flüssigkeit

Mit einem vereinfachten Modell von harten geladenen Kugeln soll im Rahmen einer Molekulardynamischen Simulation die statische dielektrische Konstante bestimmt werden, sowie sie aus Messungen mittels dielektrischer Spektroskopie bestimmt wird.

Simulation ultrakalte Moleküle mit einem elektrischen Dipolmoment

Ultrakalte Moleküle mit einem elektrischen Dipolmoment lassen sich in einem optischen Gitter einfangen und durch ein elektrisches Feld ausrichten. Durch Manipulation des Gitters und des elektrischen Feldes lassen sich die Wechselwirkungen zwischen den Molekülen beeinflussen. In dieser Arbeit soll mit Hilfe von Molekulardynamik ein System untersucht werden, in dem mehrere Lagen stark dipolar wechselwirkender Molekuele uebereinander angeordnet sind. Ziel der Arbeit ist es, Grundzustandsstrukturren zu berechnen, sowie den Einfluß der thermischen Bewegung auf die Grundzustandsstrukturen zu berechnen. Das System ist hierbei gerade noch im Bereich der klassischen Physik. Als +Simulationssoftware wird Espresso (www.espresso.mpg.de) zum Einsatz kommen.

Ansprechpartner: Rudolf Weeber (Rudolf Weeber <weeber@ica1.uni-stuttgart.de>)