Mit der sog. Molekulardynamik kann man nicht nur Moleküle wie z.B. das Helimatom simulieren, sondern ganz allgemeine -Teilchen-Systeme wie Gase, Flüssigkeiten, Membranen oder Schüttgüter.
Ein weiteres großes Gebiet der numerischen Physik ist die Molekulardynamik: eine Menge von Teilchen wird für eine bestimmte Zeit mit allen auf sie wirkenden Kräften simuliert. Dies ist ein typisches -Körper-Problem. Dabei kann eine riesige Anzahl an Gleichungen auftreten, die alle berechnet werden müssen. Im November 1997 wurde durch den Zusammenschluß von zwei Supercomputern eine Molekularsimulation mit über einer Milliarde () Punkte eines Kristallgitters durchgeführt. Allerdings besitzt ein Kubikzentimeter Materie ungefähr Moleküle, also einen Faktor mehr. Man könnte also nur cm simulieren.
In der Praxis ist es sowieso nur üblich bis zu Teilchen zu simulieren. Weiterhin muß man wegen der großen auftretenen Kräfte die Zeitintervalle sehr klein wählen, üblicherweise in der Größenordnung von sps. Bei normalerweise Iterationen kommt man dann auf eine Zeit von s. Wegen dieser Einschränkungen werden nur kleine und kurze Vorgänge auf diese Weise simuliert wie Bruchspitzen, Schmelzen und Erstarren von Materie oder ``head-crash'', dem Aufprall des Lese-/Schreibkopfes auf die Magnetscheibe einer Festplatte.